На президентских выборах 1989 года Колор ди Мелу, баллотируясь от Партии национальной реконструкции во втором круге победил своего соперника, Луиса Инасиу Лулу да Силву. Избиратели отдали за него 35 миллионов голосов. Фернанду Колор ди Мелу тем самым стал первым за 29 лет демократически избранным президентом Бразилии. Главной задачей на посту президента он провозгласил борьбу с инфляцией, достигавшей на тот момент около 80% в месяц.
15 марта он вступил в должность.
В первый же день в должности он объявил о введении в действие так называемого «плана Колора», по которому существенные средства с банковских счетов должны были быть переведены в правительственные фонды и выведены из свободного обращения; в то же время правительство планировало увеличить выпуск наличных денег в обращении. План был составлен министром финансов в правительстве Колора, Зелией Кардозу ди Мелу. Радикальные экономические реформы были встречены населением без энтузиазма, однако в течение нескольких месяцев привели к сокращению инфляции до 25% в месяц. Во время своего президентского срока Колор также подписал договор, обеспечивший вступление Бразилии в Меркосур, организацию сотрудничества пяти южноамериканских государств.